這部拍攝于1989年版的《變蠅人2》是1986年版《變蠅人》的續(xù)集，影片承接第一集母親維尼卡懷上賽斯孩子的伏筆，當(dāng)她產(chǎn)下一枚蠅蛹時(shí)被當(dāng)場(chǎng)嚇?biāo)?。?dāng)局的科研機(jī)關(guān)巴托工業(yè)園收養(yǎng)了蒼蠅之子馬丁·布朗多（艾瑞克·斯托羅茲 Eric Stoltz飾），由巴托工業(yè)的老總巴托先生（約翰·蓋茲 John Getz飾）撫養(yǎng)。巴托先生密切監(jiān)視著馬丁的一舉一動(dòng)，表面上把馬丁視如己出，實(shí)則卻把他當(dāng)作研究對(duì)象，暗地里用攝像機(jī)記錄下他所有的生活過(guò)程，讓馬丁研究他父親生前的時(shí)空傳送裝置。馬丁看上去英俊帥氣，無(wú)異于常人，除了的驚人的生長(zhǎng)速度和超人的天資才能。不久，馬丁就與美麗的貝斯·洛根（達(dá)芙妮·祖尼加 Daphne Zuniga飾）墜入愛(ài)河。可隱藏在馬丁體內(nèi)的變異染色體突然蘇醒，等待馬丁的是變成下一個(gè)“蒼蠅人”的恐怖噩耗。