1949年，解放軍和平解放新疆，新疆軍區(qū)成立，甘祖昌擔(dān)任后勤部副部長。當(dāng)時(shí)，敵特支持投機(jī)倒把分子新疆?dāng)_亂物價(jià)，大肆壟斷黃金銀圓，妄圖從經(jīng)濟(jì)上困死解放軍，甘祖昌低價(jià)將銀圓投入流通市場，打擊奸商氣焰，穩(wěn)定市場，穩(wěn)定新疆政局。其后，敵特分子為報(bào)復(fù)甘祖昌制造車禍，令他頭部重傷。1955年甘祖昌被授予少將軍銜，和他同村同時(shí)入伍的李保山則授校銜。李對(duì)甘很嫉妒，違紀(jì)后被解職回鄉(xiāng)。甘祖昌腦震蕩后遺癥嚴(yán)重，自覺不在適合服務(wù)軍隊(duì)，加之回家后看到家鄉(xiāng)雖解放但生活仍貧困，自請(qǐng)辭職，解甲歸田，回到老家江西蓮花縣沿背村。回鄉(xiāng)后，他不辭辛勞，繼續(xù)為家鄉(xiāng)經(jīng)濟(jì)建設(shè)做貢獻(xiàn)。他排除萬難，修整水旱田，修建水庫，創(chuàng)建公社農(nóng)科所等，使農(nóng)民生活大有改善。甘祖昌不戀高位而選擇奉獻(xiàn)，不圖享受而甘于奮斗的精神成為領(lǐng)導(dǎo)干部的楷模，時(shí)代的先鋒。