故事發(fā)生在二十一世紀(jì)末的日本。魔法，這不是一個(gè)傳說(shuō)，而是現(xiàn)代科學(xué)的一項(xiàng)技術(shù)，它被應(yīng)用至今已經(jīng)過(guò)了一個(gè)世紀(jì)。曾經(jīng)被稱為“超能力”的先天具有的能力被以“魔法”這個(gè)名字的體系替代，高超的的魔法師被認(rèn)為是國(guó)家的實(shí)力力。西歷 2095 年的春天，新生入學(xué)的季節(jié)。國(guó)立魔法大學(xué)附屬第一高校——通稱“魔法科高?！?，是由成績(jī)優(yōu)秀的“一科生”，和作為一科生替補(bǔ)的“二科生”所構(gòu)成，他們也各自被冠上了“花冠（bloom）”，以及“雜草（weed）”之名。就在這樣的魔法科高校里，一對(duì)兄妹入學(xué)了。兄長(zhǎng)是，擁有著缺陷的劣等生。妹妹是，完美無(wú)缺的的優(yōu)等生。無(wú)論什么事都抱著達(dá)觀態(tài)度的劣等生兄長(zhǎng)，和對(duì)他抱著作為血親以上感情的優(yōu)等生妹妹。隨著這兩人進(jìn)入這間精英學(xué)校的大門(mén)，這平穩(wěn)的學(xué)院，也開(kāi)始了騷亂的日常。